В мире Наруто незаметно пролетели два года. Бывшие новички пополнили ряды опытных синоби в ранге тюнин и дзёнин. Главные герои не сидели на месте – каждый стал учеником одного из легендарных Саннин – трех великих ниндзя Конохи. Парень в оранжевом продолжил обучение у мудрого, но эксцентричного Дзирайи, постепенно восходя на новую ступень боевого мастерства. Сакура выдвинулась в помощницы и доверенные лица целительницы Цунадэ – нового вождя Деревни Листвы. Ну а Саскэ, чья гордыня привела к изгнанию из Конохи, вступил во временный союз со зловещим Оротимару, причем каждый считает, что лишь использует другого до поры до времени.

Краткая передышка закончилась, и события в очередной раз понеслись с ураганной быстротой. В Конохе вновь прорастают семена старых раздоров, посеянные первыми Хокагэ. Таинственный лидер Акацуки привел в действие план обретения мирового господства. Неспокойно в Деревне Песка и соседних странах, везде всплывают старые тайны, и ясно, что когда-то придется платить по счетам. Долгожданное продолжение манги вдохнуло новую жизнь в сериал и новую надежду в сердца бесчисленных фанатов!